В Калуге Федор Семёнович находился до 1849 года, пока не получил назначения в Кострому губернским прокурором. С 1850 года он был переведен в Ярославль, в котором прожил до 1856 года, где сначала исполнял должность губернского прокурора, а затем - директора Ярославского тюремного    комитета.          В последующее время Ф.С. Унковский исполнял обязанность вице-губернатора Аудиторского департамента в военном министерстве. В 1859 году он был командирован за генерал-аудитора в учрежденный в Москве Генеральный Военный суд.

В 1851 году Федор Семёнович за выслугу лет был произведен в надворные советники, в 1854 году - в коллежские советники, в 1857 году – в статские советники, а за отличное усердие и ревностную службу в 1858 году награжден орденом Св. Анны 2-й степени и знаком отличия беспорочной службы пятнадцатилетнего достоинства. В 1859 году Федор Семёнович получил чин действительного статского советника.

В 1862 году Ф.С. Унковский был награжден орденом Св. Владимира 3-й степени и по болезни уволен со службы с мундиром.